日語的起源一直是爭論不休的問題。明治時代的日本人把日語劃為阿爾泰語系，但阿爾泰語系這個說法已經普遍遭到否定，霍默·赫爾伯特（Homer Hulbert）和大野晉認為日語屬于達羅毗荼語系，西田龍雄認為日語屬于漢藏語系，白桂思（Christopher I. Beckwith）認為日語屬于日本-高句麗語系（即扶余語系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）認為日本語和琉球語可以組成日本語系。有一種假設認為南島語系、壯侗語族和日本語系可以組成南島-臺語門（Austro-Tai languages），即認為三者都有共同的起源。

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